Można przypuszczać, że koty zyskały sympatię ludzi już dawno temu, nie tylko ze względu na ich praktyczne znaczenie jako skuteczni łowcy gryzoni. Dowodem na to może być odkrycie w grobie na Cyprze datowanym na 7500 rok p.n.e., gdzie znaleziono szczątki człowieka i jego kota. Egipcjanie darzyli koty wielkim szacunkiem, uważając je za magiczne stworzenia przynoszące szczęście i dobrobyt do domów. Po śmierci kotów poddawano procesowi mumifikacji, podobnie jak ludzi.
Powszechne wykorzystanie zwierząt do celów terapeutycznych rozpoczęło się dopiero w XIX wieku. Jedną z pionierek tej metody była Florence Nightingale, matka nowoczesnego pielęgniarstwa. Zauważyła ona, że pacjenci placówek psychiatrycznych, którzy mieli kontakt z małymi zwierzętami, doświadczali mniej stanów lękowych i szybciej odzyskiwali zdrowie. W XX wieku większość badań i obserwacji dotyczących terapii wspomaganej przez zwierzęta koncentrowała się na psach, ale ostatnie dekady przyniosły dużą popularność felinoterapii. Za pionierkę tego podejścia uważa się brazylijską psychiatrę Nise da Silveira, która sprzeciwiała się drastycznym metodom leczenia pacjentów w szpitalach. W ramach eksperymentu wprowadziła do swojego oddziału jednego kota, a po zauważeniu zainteresowania pacjentów, dostarczyła im kolejne cztery. Jej obserwacje stały się podstawą dla badań nad skutecznością felinoterapii w leczeniu zaburzeń psychicznych.